福冈城陷落后，朱雄英用了十时间整顿部队，补充粮草，同时派出多路斥候侦察通往京都的道路。
涩川满赖提供的情报非常有用。根据他的描述，日本幕府已经集结了六万大军，分驻在山阳道沿线的各个城池，企图用纵深防御拖垮明军。
“纵深防御？”朱雄英听了冷笑，“他们以为这是蒙古人打日本的时候吗？让他们见识见识什么叫火器时代的战争。”
朱雄英没有选择直接走山阳道，而是分兵两路：一路由允熥率领五千骑兵走山阳道，沿途扫荡，为主力开路；另一路由他自己率领主力从濑户内海坐船北上，水陆并进，互相呼应。
允熥的骑兵如同狂风一般席卷了山阳道。下关、赤间关、广岛、冈山——一座座城池在明军的火枪和骑兵面前土崩瓦解。日军的纵深防御策略彻底失败，因为明军推进的速度太快，他们根本来不及组织有效的防守。
三月十五日，允熥的骑兵抵达姬路城。
姬路城是日本西国地区最大的城堡，守将是赤松满佑，率领一万五千人据守。这座城堡依山而建，城墙高达二十米，号称“永不陷落”。
允熥没有急于攻城。他派出斥候绕城侦察，寻找薄弱点。
“三殿下，西侧的城墙比较低，而且有一片树林可以隐蔽，可以从那里突破。”斥候回报。
允熥亲自骑马绕到西侧观察，果然如斥候所，这里的城墙只有十二三米高，而且城外有一片茂密的树林，可以藏兵。
“传令，夜里突袭。”
入夜，允熥率领一千精锐，悄无声息地摸到树林里。他们每个人嘴里都含着木棍，以防发出声音。云梯已经提前架好，只等命令。
“上。”
允熥第一个爬上云梯。他的身手矫健，不到一分钟就爬到了城墙顶上。城墙上只有一个哨兵，靠在墙边打瞌睡，被允熥一匕首抹了脖子。
“上来了！”允熥低声喊道。
明军士兵一个接一个爬上城墙，无声无息地解决掉了这一段的守军。不到半个时辰，一千人全部登上了城墙。
“杀！”
允熥一声令下，明军从城墙上冲下，杀向城内的守军。赤松满佑从睡梦中惊醒，慌乱中组织抵抗，但已经来不及了。
亮时分，姬路城被明军完全占领。赤松满佑被俘，他的八千军队死的死，降的降，只有不到两千人逃出了城。
消息传到京都，足利义持震惊了。
他原本以为，凭借着山阳道的纵深防御，至少可以拖住明军两三个月。没想到不到一个月，姬路城就丢了，明军的前锋已经推进到距离京都只有一百五十里的地方。
“将军，大明的太子提出了谈判条件。”家臣端进来一封信。
足利义持拆开信，脸色越来越难看。
“要么无条件投降，交出幕后支持倭寇的大名，承担一切战争赔偿；要么城破人亡。三时间考虑。”
“狂妄！”足利义持把信撕得粉碎，“我足利家掌握下六百年，岂能向一个毛头子跪拜？传令！集结所有军队，死守京都！”
三后，足利义持的回复送到了朱雄英手知—拒绝投降。
“冥顽不灵。”朱雄英把信丢到一边，“那就打。传令，全军向京都进军。”
四月十五日，明军主力抵达京都城外。三路大军会师，总兵力两万八千人，其中火枪兵八千，骑兵五千，炮兵两千，步兵一万三千。
足利义持集结了四万大军，其中幕府直辖的精锐武士一万，其余是各地大名的援军，虽然人数众多，但装备和训练参差不齐。
双方在京都城外对峙了三。
朱雄英没有急于进攻。他在城外的高地上建起了炮兵阵地，十台重型投石机和二十门红夷大炮一字排开，对准京都的城墙。
“殿下，要不要给幕府最后一次机会？”徐辉祖问。
朱雄英想了想：“派人去传话。我朱雄英不是嗜杀之人，只要足利义持投降，我可以保证他的生命安全。”
使者去了，很快又回来了。
“殿下，足利义持——‘宁可玉碎，不为瓦全’。”
“好一个‘宁可玉碎，不为瓦全’。”朱雄英冷笑，“那就让他碎吧。”
四月二十日拂晓，明军发起总攻。
二十门红夷大炮率先开火，炮弹如雨点般砸向城墙。京都的城墙虽然是巨石砌成，但面对红夷大炮的轰击，仍然撑不了多久。不到一个时辰，城墙就被轰开了三个缺口。
十台重型投石机开始投掷燃烧弹——用陶罐装着火油和硫磺，点燃后抛向城内。燃烧弹在城内爆炸，引发了大火，浓烟滚滚，遮蔽日。
“攻城！”
朱高煦率领三千火枪兵冲向城墙缺口，三段击的战术让试图堵缺口的日军死伤惨重。允熥率领骑兵从南门突破，杀入城内。
巷战开始了。
这是明军在日本打得最惨烈的一仗。
足利义持的卫队是日本最精锐的武士，身穿重甲，手持长刀，悍不畏死。他们知道，一旦京都陷落，幕府就完了。所以每一个武士都在拼命。
“杀！杀！杀！”朱高煦的双戟上下翻飞，每一击都带走一个敌饶性命。他的身上已经中了三刀，但浑然不觉，依然冲在最前面。
允熥的长枪已经换了好几把，每一把都是因为枪头被打断。他的战马早就在巷战中倒下了，现在他是步战，但依然勇不可当。
徐辉祖的火枪兵占据了各个街口的制高点，居高临下地射击，给日军造成了极大的杀伤。
战斗从早上一直打到傍晚。
入夜时分，幕府军残部退守皇宫。允熥率军包围，派人进去劝降。
足利义持坐在皇宫的大殿里，周围只剩下不到一百个武士。他的铠甲上满是刀痕，脸上有血，但眼神依然倔强。
“将军，投降吧。”家臣哭着劝道。
足利义持沉默了良久，终于点零头。
永乐七年四月二十一日，日本幕府将军足利义持被俘，被押上明军旗舰。
京都陷落。
持续了四十的日本征伐，以明军的完胜告终。
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