赵凡自从把邪灵会铲除，就带着快龙和耿鬼到处旅游，这一日，他们来到了一片神秘的森林。
刚踏入森林不久，快龙就发出了警惕的叫声。赵凡定睛一看，只见一群绿毛虫正将他们团团围住。
赵凡并没有慌张，他指挥快龙释放出了龙息，瞬间驱散了绿毛虫。
然而，他们还没走出多远，一只巨大的霸王花出现了，它散发着刺鼻的气味，让赵凡和快龙、耿鬼都有些难受。
赵凡果断下令耿鬼使用暗影球攻击霸王花，霸王花灵活地躲开并反击，释放出了睡眠粉。
快龙及时用翅膀扇开了粉末，接着快龙一个龙之俯冲撞向霸王花，霸王花被撞得连连后退。就在这时，森林中突然出现了一位神秘训练家，他制止了霸王花的攻击，并对赵凡表示感谢，原来这些宝可梦是因为被森林里的邪恶力量影响才变得暴躁。
随后，神秘训练家邀请赵凡一起去探寻那股邪恶力量的源头，赵凡欣然答应，一场新的冒险就此展开。
暮色像一块浸了墨的绒布，缓缓垂下盖住了常磐森林的树梢，晚风卷着松针的清香擦过耳畔，神秘训练家兜帽下露出的嘴角轻轻扬起，指尖捻着颗泛着银辉的精灵球，转身步入林间幽深的径。
赵凡攥了攥快龙冰凉的龙鳞，快步跟了上去，快龙展开遮蔽日的翅膀，扇开缠在脚边的迷障藤条，鳞片在斑驳月影里泛着琥珀色的光。
走着走着，脚下的泥土渐渐变得湿润，腐叶堆里钻出点点幽蓝的鬼火，绕着三饶脚踝打转，霸王花走在最前面，巨大的花瓣开合间散发出淡紫色的香氛，恰好中和了邪恶力量散出的腐臭。
神秘训练家忽然停下脚步，伸手按住身旁一棵粗壮的古树，树皮在他掌心下微微震颤，裂开一道布满青苔的石门，一股混杂着血腥与黑暗的气息扑面而来，吹得赵凡衣领猎猎作响。
“邪恶力量的源头就在这地底遗迹里，百年前这里曾是反派组织研究超梦的实验室，爆炸后遗留的能量泄漏，慢慢污染了整片森林的宝可梦。”
他的声音在空寂的林间荡开，赵凡才发现对方腰间别着一块磨损的彩虹徽章，原来他竟是三十年前突然销声匿迹的关东传奇训练家渡的旧友。
石门后是层层向下的石阶，墙壁上还留着当年实验的模糊涂鸦，越往深处走，邪恶力量的压迫感越强，赵凡派出喷火龙守在身侧，赤红的火焰照亮了潮湿的岩壁，走到石阶尽头，一扇金属大门虚掩着，门后中央放着一块不断搏动的紫黑色水晶，水晶周围缠绕着无数根狰狞的触须，每搏动一下，就散出一团黑雾，钻进墙壁的缝隙里。
就在赵凡准备拿出精灵球时，水晶突然爆发出刺眼的紫光，无数被污染的大嘴雀从角落里扑出来，尖锐的喙直扑向众人，快龙立刻腾空而起，一记流星锤砸在地上，震得整个遗迹都晃了晃，大嘴雀纷纷掉落下来，霸王花甩出密集的花瓣舞，漫花瓣带着清香扫过，被污染的黑雾瞬间消散了大半。
神秘训练家掏出那颗银辉精灵球，放出了一只周身环绕绿叶的时拉比，“只有时拉比的时光之力能净化这块邪水晶，它本来沉睡着，直到刚才感受到你身上纯净的 trainer 气息才原意苏醒。”
时拉比飘到水晶上空，浅绿色的光芒像纱一样罩下来，水晶挣扎着搏动，突然裂开一道缝隙，从中钻出一只被控制的胡帕，它发出刺耳的尖叫，张开传送门召唤出无数黑影宝可梦，喷火龙一口大字火烧过去，却被黑影穿过身体，反倒让黑影变得更大。
赵凡突然想起爷爷过，纯净的羁绊之力能破解任何黑暗控制，他闭上眼睛，感受着和快龙、喷火龙之间的联结，三颗精灵球在他腰间发烫，快龙周身燃起龙息的金光，喷火龙翅膀裹着火焰，两道力量汇向时拉比的绿光，三色光芒瞬间裹住胡帕，被污染的黑雾一点点从胡帕身体里剥离，融进水晶里，水晶在光芒中慢慢消融，遗迹顶部开始掉碎石块，时拉比挥了挥手，一道时光门展开，众人刚跨进去，身后的遗迹就轰然塌陷，被重新埋进了森林深处。
晨光刺破森林的薄雾时，众人已经回到霖面，被污染的宝可梦们陆续恢复了温顺，围着霸王花蹭来蹭去。
神秘训练家摘下兜帽，露出满头银白的发丝，他笑着拍了拍赵凡的肩膀，把那枚彩虹徽章轻轻放进赵凡掌心：“我守了这里三十年，终于等到能彻底解决隐患的人，这枚徽章送给你，接下来前往城都地区的道路，就靠你自己继续走了。”
完，他带着霸王花消失在了森林深处，只留一阵清香的风擦过脸颊。赵凡把徽章别在背包上，翻出地图摸了摸快龙的头，快龙仰发出一声清越的龙鸣，载着他向着朝阳升起的方向飞去，风裹着新的花香扑在脸上，远处城都地区的烟囱山已经隐隐露出轮廓，谁也不知道，接下来等待他的，是传中凤王的踪迹，还是更多埋藏在山林里的秘密，一场新的冒险，才刚刚拉开序幕。
快龙载着赵凡一路朝城都地区飞去，烟囱山越来越近。当他们靠近时，看见山上浓烟滚滚。
突然，一只浑身火焰的神奇宝贝从烟囱中冲向空，正是传中的凤王！凤王周身散发着神圣的光辉，引来了不少训练家的围观。
赵凡心中激动不已，决定挑战凤王。他先派出了喷火龙，喷火龙与凤王在空中展开了激烈的对战。
凤王的火焰攻势十分猛烈，喷火龙有些难以招架。赵凡又派出快龙，快龙和喷火龙默契配合，逐渐压制住了凤王。
就在赵凡以为要成功收服凤王时，一群神秘黑衣人出现，他们放出了强大的黑暗系神奇宝贝干扰战斗。
赵凡一边指挥宝可梦对抗黑衣人，一边还要应对凤王。经过一番苦战，赵凡成功击退了黑衣人，但凤王也趁机飞走了。
赵凡望着凤王消失的方向，暗暗发誓，一定要再次找到凤王，完成这场未尽的挑战。
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