看见卡洛斯地区的黑暗盟领导，消失在原地。赵凡只能干瞪眼。出去了之后，赵凡在卡洛斯地区休整了一就又准备出发了。赵凡立马召唤出快龙，准备前往阿罗拉地区去寻找黑暗媚线索。
快龙驮着赵凡在空中快速飞行，很快便抵达了阿罗拉地区。刚一落地，赵凡就感受到了这里独特的氛围。
阿罗拉地区的宝可梦们形态各异，充满了新奇福
赵凡开始四处打听黑暗媚消息，然而却一无所获。就在他有些沮丧的时候，突然遇到了一位神秘的老者。
老者看着赵凡，眼中闪过一丝深意，道：“年轻人，你在寻找黑暗盟？我知道一些线索，但你要帮我完成一件事。”
赵凡毫不犹豫地答应了。原来，老者拜托他去拯救被邪恶势力困住的几只珍稀宝可梦。赵凡带着快龙和其他宝可梦，迅速赶到了事发地点。
经过一番激烈的战斗，他成功解救了那些宝可梦。
老者十分感激，便告诉赵凡，黑暗盟近期在阿罗拉地区的一处废弃工厂有活动。赵凡谢过老者后，立刻带着宝可梦朝着废弃工厂赶去，一场新的挑战即将来临。
赵凡按照老者给的线索发现废弃的工厂有大型机器的响声，就知道方位没有找错，赵凡心谨慎的往前移动，不敢发出特别大的声音，因为他不知道黑暗媚人，在这个废弃的工厂研究改造神奇宝贝到底是什么实力的。
当他靠近工厂大门时，突然一道强光射来，紧接着一群改造后的宝可梦冲了出来。它们眼神冰冷，身上散发着诡异的气息，显然经过了残酷的改造。
快龙率先迎战，它怒吼一声，用翅膀扇起强大的气流，将部分改造宝可梦吹飞。
但更多的改造宝可梦围了过来，攻击愈发猛烈。赵凡见状，连忙指挥其他宝可梦加入战斗。皮卡丘释放出十万伏特，妙蛙种子发射出能量球，一时间场面混乱不堪。
就在战斗胶着之时，黑暗媚首领现身了，身边还跟着一只的改造融合阿罗拉地区神兽卡噗鳍鳍（原版卡噗鳍鳍拥有进化心灵的能力的特别之水，改造的卡噗鳍鳍拥有控制心灵的能力的特别之水）的基因的改造神兽，。这只卡噗鳍鳍浑身散发着黑色的光芒，眼睛闪烁着邪异的红光，实力看上去深不可测。首领冷笑一声：“就凭你们也敢来捣乱。”
赵凡握紧拳头，眼神坚定，他知道这场硬仗才刚刚开始，必须全力以赴才能揭开黑暗媚阴谋。而且不能让这只卡噗鳍鳍使用心灵之水，会使神奇宝贝被控制，变成邪恶的神奇宝贝（神兽也只能短暂的压制心灵之水的能力（三级神）二级神被控制的几率只有百分之五十，一级神百分之二十的几率）。
赵凡深知局势危急，大声喊道：“大家集中火力，先阻止那只改造卡噗鳍鳍！”快龙猛地冲向卡噗鳍鳍，试图用龙之爪打乱它施法节奏。
皮卡丘则不断释放高压电击，干扰其行动。然而，该造卡噗鳍鳍异常灵活，轻松躲开攻击，随后张嘴喷出一股黑色的心灵之水。
妙蛙种子首当其冲，瞬间身体一颤，眼神变得呆滞，转而攻击己方队友。
赵凡心急如焚，这时他突然想到快龙身为准神，或许能短暂抵抗控制。
他急忙命令快龙撞开妙蛙种子，并趁机扔出精灵球收回妙蛙种子。
接着，赵凡让皮卡丘和快龙配合，利用速度优势分散卡噗鳍鳍注意力。
趁此间隙，他拿出钢铁海龙兽的特别之水注入精灵球，再次放出妙蛙种子，解除了它的控制状态。三只宝可梦重新联手，向卡噗鳍鳍发起更猛烈进攻。
而黑暗盟首领脸上的笑容逐渐消失，紧张地注视着战局变化，一场更为激烈的对决仍在持续……就在战斗陷入白热化时，快龙瞅准时机，一个龙之俯冲撞向卡噗鳍鳍，将它撞得踉跄了几步。
皮卡丘趁机释放出最强的十万伏特，电流如蛇一般缠上卡噗鳍鳍，让它浑身颤抖。妙蛙种子也不甘示弱，发射出强力的能量球，狠狠地砸在卡噗鳍鳍身上。
卡噗鳍鳍被这一波攻击打得有些狼狈，但它很快稳住身形，再次喷出心灵之水。不过这次，赵凡早有准备，他指挥宝可梦们迅速分散躲避。
黑暗盟首领见情况不妙，开始慌张起来。他大声呼喊，让其他改造宝可梦加入战斗。一时间，更多的改造宝可梦蜂拥而上。
赵凡冷静地指挥着宝可梦们应对，快龙用龙息击退一群改造宝可梦，皮卡丘和妙蛙种子则继续攻击卡噗鳍鳍。
在激烈的战斗中，赵凡发现卡噗鳍鳍的攻击出现了一丝破绽，他立刻抓住机会，让宝可梦们集中火力。
最终，卡噗鳍鳍被打得失去了战斗能力，黑暗媚改造宝可梦也纷纷溃败。
赵凡成功击败了黑暗盟，离揭开他们的阴谋又近了一步。
在把黑暗盟在阿罗拉地区的这个改造工厂直接破坏之后，赵凡立马进入找寻黑暗盟其他改造工厂和黑暗盟在阿罗拉地区的分盟任务中，赵凡知道黑暗盟已经把阿罗拉地区的四位神兽的基因都拿到手了。可能在还有一个更大的工厂在研究如何把四位神兽的基因融合，改造出一只强力的改造神兽。
用神兽的（可以控制的心灵之水和控制草木生长的能力，改变阿罗拉地区的环境和控制所有神奇宝贝，让他们攻击人类，从而控制阿罗拉地区）能力控制所有神奇宝贝和阿罗拉地区的花草树木，从而决定阿罗拉地区的饶生死。
赵凡四处打听，终于得知了那个更大工厂的大致方位。他带着宝可梦们马不停蹄地赶去。当到达工厂时，里面弥漫着一股阴森的气息。
还未等他们深入，一群更强大的改造宝可梦冲了出来，其中竟有融合了其他卡噗神兽部分基因的改造体。
战斗异常艰难，宝可梦们都受了不同程度的伤。就在赵凡有些力不从心时，他突然发现工厂的能量核心有个漏洞。
他灵机一动，让皮卡丘释放十万伏特，快龙用龙息配合，攻击能量核心。随着一阵剧烈的爆炸，工厂开始摇晃。
黑暗媚成员们乱作一团。赵凡趁机指挥宝可梦们突破防线，找到了正在研究融合四位神兽基因的实验台。
他果断破坏了实验设备，阻止了黑暗媚阴谋。黑暗媚人见大势已去，纷纷逃窜。
赵凡成功守护了阿罗拉地区，而他也将继续踏上寻找黑暗盟总部，彻底摧毁这个邪恶组织的征程。
喜欢神奇宝贝：开局继承一家道馆请大家收藏：(m.xaoxs.com)神奇宝贝：开局继承一家道馆笑傲小说更新速度最快。