失去控制的改造宝可梦顿时乱了阵脚，赵凡他们抓住机会，一举击败列人，顺利捣毁了这个据点。渡和关东地区的两位王，也发现合众地区其他黑暗媚基地，而后他们也发动突然袭击。想打黑暗盟一个措手不及。
他们刚接近就被基地的一只改造超能力神奇宝贝发现，提醒了黑暗盟基地里面的人员黑暗盟人员迅速组织起了防御，将渡他们拦在了基地外。
基地里涌出一群又一群改造宝可梦，它们眼神凶狠，身上散发着诡异的气息。渡率先派出了快龙，快龙一声怒吼，强大的气场震慑住了部分改造宝可梦。
其他王冠军也纷纷派出自己的王牌宝可梦投入战斗。战斗异常激烈，双方陷入了僵持。
突然，黑暗盟基地内部传来一阵骚乱，原来是赵凡他们完成这边的任务后，悄悄潜入了合众地区其他基地。
他们在内部制造混乱，破坏了黑暗媚防御系统。外面的渡他们抓住这个机会，发起了总攻。改造宝可梦们失去了指挥，开始四处逃窜。
最终，在内外夹击之下，黑暗媚这个基地也被成功捣毁。渡和赵凡他们相视一笑，这场与黑暗媚战斗，他们又取得了一次胜利。
合众地区的冠军和王也发现了一处基地，而且是在海里的基地，他们还在感叹黑暗的科技水平这么高。
突然一个水炮技能袭击而来众人急忙躲避，水炮在他们刚才所在的位置炸开。紧接着，从海里浮出一群改造的水系宝可梦，它们身上闪烁着幽蓝色的光芒，眼睛里透着冰冷的杀意。
合众地区的冠军立刻派出巨沼怪，巨沼怪怒吼一声，用地震技能震得海水翻腾。其他王也纷纷派出宝可梦迎战。就在战斗正激烈时，一只巨大的带着酋雷姆基因的怪造（水箭龟）从基地深处游了出来，它的身体散发着强大的能量波动。张嘴喷出一道巨大的水流，冲向众人。
冠军连忙让巨沼怪用守住技能抵挡。这时，赵凡他们也赶来支援，赵凡派出了自己的火焰鸟。火焰鸟对着水箭龟喷出炽热的火焰，与水流碰撞在一起，产生了巨大的蒸汽。在大家的齐心协力下，逐渐压制住了盖水箭龟。最终，水箭龟体力不支，沉入了海底。众人乘胜追击，成功捣毁了这个海里的基地，又一次粉碎了黑暗媚阴谋。
然而，就在众人以为能稍作喘息时，黑暗媚反击接踵而至。
一只神秘的宝可梦突然出现在空，它全身被黑色的气息笼罩，看不清模样，却散发着令权寒的压迫福
这只宝可梦张嘴一吐，一道黑色的能量波朝着众人袭来。
冠军们和赵凡他们立刻指挥宝可梦抵挡，但这能量波威力惊人，不少宝可梦都被震退。黑暗媚成员趁此机会，从四面八方涌来，还带来了更多新型的改造宝可梦。
战斗再度陷入胶着，众人身上都带着伤，宝可梦们也都有些疲惫。就在这危急时刻，空突然亮起一道光芒，三只传中的宝可梦降临。
它是道之三龙，感受到了这片区域的混乱与邪恶，前来相助。
道之三龙释放出神圣的光芒，净化了黑暗盟改造宝可梦身上的邪恶力量。黑暗盟成员见大势已去，纷纷逃窜。众人望着远去的黑暗盟，知道这场战斗还远未结束，但有晾之三龙的帮助，他们对未来充满了信心。道之三龙并没有久留，净化完邪恶力量后便消失在了际。
众人收拾好状态，继续对黑暗盟展开调查。他们发现黑暗盟似乎在策划一个更大的阴谋，而线索指向了一座神秘的古老遗迹。
赵凡他们和冠军、王们一同前往那座遗迹。刚踏入遗迹，就触发了机关，无数尖刺从墙壁射出。
宝可梦们迅速用技能抵挡，众人心翼翼地继续前进。在遗迹深处，他们遇到了黑暗媚终极守护者——一只融合了多种传宝可梦基因的超级改造宝可梦。
它体型巨大，浑身散发着恐怖的气息，一出现就释放出强大的能量波动，压得众人喘不过气。
战斗一触即发，宝可梦们纷纷使出全力。赵凡的火焰鸟、冠军的巨沼怪等都拼尽了力气。
就在大家渐渐处于下风时，之前被净化的改造宝可梦们竟自发赶来，加入了战斗。它们与众人并肩作战，最终成功击败了守护者。
然而，黑暗媚阴谋是否真的就此终结，还犹未可知。
赵凡他们也知道黑暗媚线索，准备把合众地区的黑暗盟全部人员，全部找出来，然后将他们一网打尽。他们沿着新的线索继续追查，发现黑暗盟在合众地区的残余势力分散隐藏在各个隐秘角落。
在一次追踪中，他们来到一个废弃的工厂。刚进入，就被一群改造的电系宝可梦围攻。这些宝可梦速度极快，释放的电流让众多的宝可梦有些难以招架。
就在这时，赵凡发现工厂的控制室似乎是关键，他带着几只宝可梦悄悄绕到控制室。在那里，他们发现了一个黑暗媚头目。头目见势不妙，启动了工厂的自毁程序。赵凡迅速击败头目，同时让宝可梦们加快解决外面的改造宝可梦。
众人齐心协力，在工厂爆炸前成功撤离。
经过这次战斗，他们更加清楚黑暗媚狡猾。但他们没有退缩，继续坚定地寻找着黑暗媚踪迹，誓要将这个邪恶组织从合众地区彻底清除，让这片土地恢复往日的安宁。经过几的在合众地区的全面搜索，终于在今把在合众的地区所有黑暗盟分盟全部拔除，合众地区也恢复到往常的平静。
但是赵凡知道，黑暗盟不会就此罢休。一定有更大的阴谋诡计，赵凡在合众地区休息了一。准备去合众地区的联盟总部去跟合众冠军和王告辞，前往下一个地区，把黑暗盟铲除。
刚到合众地区的联盟总部，就听到里面有好多人在话，赵凡进到联盟里面，就听到渡和其他地区的冠军王道，我们准备回各个地区了，免得黑暗媚人卷土重来，我们要回去镇守着。
合众地区的冠军也道。那你们路上心点。现在黑暗媚实力越来越强了。
渡他们道，我们知道了，那我们就走了，渡和其他地区的冠军王召唤出飞行神奇宝贝，就回各个地区去了。
赵凡见状也立马提出要离开合众地区了，准备去下一个地区调查黑暗媚线索。
合众地区的冠军和联盟高层也没有其他。也是让赵凡注意安全。也跟赵凡道，要是要帮忙就打我电话（合众地区的冠军）。
赵凡道。好的，那我就走了，为了让所有地区都恢复平静的生活。
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